PTM怎麼看? Affinity重磅上線磷酸化位點選擇數據庫!!

蛋白轉譯後修飾(PTMs)在生命體中具有十分重要的作用,它使得蛋白質的結構更為複雜、功能更為完善、調節更為精細、作用更為專一。常見的蛋白轉譯後修飾過程有泛素化(Ubiquitination)、磷酸化(Phosphorylation)、糖基化(Glycosylation)、甲基化(Methylation)和乙醯化(Acetylation)等,值得強調的是真核細胞中約80%以上的蛋白質都會被可逆磷酸化修飾(目前發現約20000種蛋白,其中18000種存在可逆磷酸化修飾),可見磷酸化修飾是生物體內最為普遍卻尤為重要的一種調節方式,所以廣大科研工作者們在科研開展過程中都會不可避免的涉及到磷酸化訊號通路研究。由於一個蛋白會被其上游的多個激酶磷酸化,產生很多個磷酸化位點,而此蛋白被磷酸化後可作為激酶繼而將其下游的蛋白磷酸化,所以訊號途徑研究的關鍵之處就是:尋找參與此訊號通路的上下游關鍵蛋白,並確定這些蛋白具體的磷酸化位點。那麼,重點來了,小編通過蒐集頂級期刊上相關工作者的研究,將磷酸化位點篩選的實驗設計方案總結如下:

第一種情況是已知A蛋白的下游靶點是B蛋白,求B蛋白的磷酸化位點:

第二種情況尋找M蛋白上游的激酶,並求M蛋白的磷酸化位點:

從上述兩種情況下的實驗設計上不難看出(橘色框中的實驗節點),在實驗推進過程中,都需要去查閱大量的數據庫和文獻找到某蛋白的所有的磷酸化位點、上游的激酶、以及下游的靶蛋白。這一過程還是比較耗費時間的,Affinity作為全球磷酸化抗體最為齊全的抗體生產商,我們的宗旨就是助力科研,所以我們開發出磷酸化位點選擇數據庫,在這個數據庫中,我們將每一個PTM修飾都清楚的列出來,最為重要的是將每一個磷酸化位點的上游激酶標記出來,並將這個蛋白的下游作用受質舉出來。這樣的一個數據庫,可以讓您一目了然的看清楚每一個蛋白的上下游!

一起看一看這個數據庫強大的功能吧~

1.官網搜索您感興趣的抗體,點擊PTM

 

點擊PTM後可以看到兩個下拉框,第一行(P00533 as Substrate)列舉了此蛋白的所有翻譯後修飾位點以及上游激酶;第二行(P00533 as PTM Enzyme)列舉了此蛋白作為激酶時其下游的靶蛋白。

2.點擊對應的下拉框查詢PTM位點及上下游蛋白訊息

 

Column 1: Site 轉譯後修飾位點

Column 2: PTM Type 轉譯後修飾類型

Column 3: Enzyme 上游激酶

Column 4: Source 數據庫來源

Column 1: Substrate 下游受質

Column 2: Site 激酶催化位點

Column 3: Source 數據庫來源

這裡還有兩點Tips需要強調一下:

  • 不管是查看上游激酶(enzyme)還是下游受質(substrate),單擊左側蛋白ID可直達Uniprot蛋白數據庫,單擊括號中的蛋白名稱可搜索Affinity對應抗體。

  • 位點橙色高亮顯示的,表示Affinity有相應位點的磷酸化抗體,單擊該位點可直達抗體頁面喲!

跟著小編一路看下來,只需輕鬆兩步PTM位點、上游激酶及下游受質盡收眼底,不得不說Affinity上線的這個磷酸化位點選擇數據庫是研究信號轉導的最強利器!

文章源自Affinity關方網站:

http://www.affbiotech.cn/article/2019/07/01/44.html

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